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연구인력개발비 세액공제, 생산직 직원 급여도 넣을 수 있을까요?

구분상속세

등록일2026-10-29

조회수11

연구인력개발비 세액공제에
자체 연구 인건비를 넣으려면,
인정받은 연구조직에서 공제 대상 인력이
실제로 연구를 전담했는지 확인해야 합니다.

신제품 개발에 참여했다는 이유만으로
직원 급여가 모두 공제되는 것은 아닙니다.

승계 후 연구 인력을 정할 때는
기존 연구조직의 인정 상태와 직원별 업무부터
살펴보는 것이 좋습니다.

생산·관리를 함께 맡길 예정이라면
공제를 예상한 인건비와 실제 공제 대상 금액이
달라질 수 있기 때문입니다.

 

 

ː    이 글에서 다루는 내용​​​

 

① 연구조직의 인정 여부와 공제 대상 기간 

② 대표·가족의 급여를 판단하는 기준 

③ 연구 전담 여부를 확인할 자료 

  

 

​

 

​▌ 연구조직 인정은 어떻게 확인하고, 공제는 언제부터 되나요​?

 


 

연구인력개발비 세액공제 요건 중 먼저 확인할 것은
기업부설연구소나 연구개발전담부서의 인정 여부입니다.

승계 전에 인정받은 조직이 있다면
현재 인정 상태와 인력 변경사항을 확인해 주세요.

조직을 새로 만들어야 한다면
한국산업기술진흥협회에 인정을 신청합니다.

전담부서는 연구전담요원 1명 이상으로도 가능하지만,
해당 인력의 자격과 연구공간 요건을 함께 갖춰야 합니다.

공제할 기간은
인정서·신청 접수일·연구원 발령일을 대조해 정합니다.

국세청은 전담부서로 인정받은 경우
인정 신청일 이후 발생한 적격 인건비를
공제할 수 있다고 해석했습니다.

다만 신청일 이후라도
그 직원이 연구원으로 발령된 뒤의 급여만 해당하므로,
인정서 발급일만 보거나
개발을 시작한 때부터의 급여를 모두 넣어서는 안 됩니다.

기간을 정했다면 다음은
그 기간에 연구조직에 있던 사람 가운데
공제에서 빼야 할 사람을 가려내는 일입니다.

​

 

 

​

▌ 대표나 가족의 급여는 어떻게 판단하나요​?​​​​

 



주식 보유와 임원 여부, 지배주주와의 관계를

실제 업무와 함께 확인해야 합니다.

 

주주인 임원 가운데 지배주주 등에 해당하거나

발행주식의 10%를 초과해 보유한 사람 등은

인건비 공제 대상에서 제외됩니다.

 

지분을 승계받은 대표라면 연구에 참여했더라도

이 제외 기준부터 확인해야 합니다.

 

가족의 급여도 같은 기준으로 봅니다.

 

가족이라는 이유만으로 제외되지는 않지만,

주주인 임원으로서

법에서 정한 특수관계인에 해당하면

제외될 수 있습니다.

 

제외 기준에 걸리지 않는 가족이라면

일반 직원과 똑같이

연구전담 여부와 자격을 확인하면 됩니다.

 

 

 

 

 

▌ 생산업무를 맡던 직원을 연구원으로 옮기면 어떻게 해야 하나요​?​​​​​

 



연구원으로 등록한 뒤에도

생산·관리업무를 계속한다면

연구전담 요건을 충족하기 어렵습니다.

 

생산라인을 관리하면서 틈틈이 개발하는 직원을

연구원 명단에 올리는 것만으로는 부족합니다.

 

연구를 전담하도록 배치하려면

그 직원이 맡던 생산업무를 누가 이어받을지도

함께 정해야 합니다.

 

업무를 나눴다면

실제 연구 내용도 기록으로 남겨야 하는데요.

 

과제명을 ‘신제품 개발’로 붙이는 것만으로

연구가 인정되는 것은 아니므로,

무엇을 개발하고 어떤 시험을 했는지

계획서·보고서·연구노트에 기록하는 것이 좋습니다.

 

 

​

 

연구 인건비를 계산하기 전 맞춰 볼 자료​

확인할 내용​ 

대조할 자료​ 

연구조직과 근무기간​

인정서·신청 접수내역·인사발령

공제 제외 인력 여부​

주주명부·임원 현황·가족관계

실제 연구 전담 여부​

업무분장표·연구계획서·보고서·연구노트​

해당 기간의 인건비​

급여대장·지급내역​

     

급여대장은 돈을 지급한 사실을 보여주고,

연구기록은 그 기간에 어떤 일을 했는지 설명합니다.

 

두 자료가 같은 사람과 기간으로 연결돼야

공제 대상 인건비를 검토할 수 있습니다. 

 

 

 

 

연구를 맡길 때 기존 업무를 누가 맡을지도 정해 두세요​

 

연구원 명단에 담당 과제뿐 아니라 기존 생산업무를 넘겨받을 사람도 함께 적으시기 바랍니다. 

 

대표·가족이 포함되거나 겸직기간이 있다면 인정서와 업무자료를 모아 세무전문가의 개별 검토를 받은 뒤 공제액을 계산하는 것이 좋습니다.

 

 

 

 

▌​자주 묻는 질문 (FAQ)

 

 Q1. 연봉 5천만원인 연구원을 채용하면 세금이 얼마나 줄어드나요?​

A. 전액이 공제 대상이고 중소기업 일반연구 당기분 방식을 적용한다면 1,250만원입니다. 

 

5천만원에 25%를 곱한 예시입니다. 실제로는 적격 근무기간과 비용을 먼저 확인하며, 증가분 방식은 별도의 적용 요건을 따져야 합니다. 

 

Q2. 연구인력개발비 세액공제 최저한세는 중소기업에도 적용되나요?​

 A. 세법상 중소기업은 이 공제에 최저한세 제한을 적용받지 않습니다. 

 

최저한세는 공제·감면을 받더라도 일정 수준의 세금을 남기도록 하는 제도입니다. 중견·대기업은 적용 여부와 금액을 별도로 계산해야 합니다. 

 

Q3. 적자라면 연구인력개발비 세액공제 이월은 어떻게 하나요?​

A. 납부할 세액이 없어 쓰지 못한 공제액은 이월할 수 있습니다. 

 

현행법상 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세연도에 공제합니다. 공제 발생액과 사용액을 연도별로 관리해야 합니다. 

 

Q4. 연구인력개발비 세액공제 중복배제로 다른 감면을 못 받나요?​

A. 다른 감면이 있다는 이유만으로 모두 배제되지는 않습니다. 

 

중소기업 특별세액감면과는 함께 적용할 수 있습니다. 다만 각 제도의 요건과 다른 공제·감면 사이의 중복 제한은 따로 확인해야 합니다.

 

Q5. 공제 대상인지 애매하면 신고 전에 확인할 수 있나요?

A. 국세청 사전심사를 신청할 수 있습니다. 

 

법인세 신고 전에 연구활동과 비용의 적격 여부를 심사받는 제도입니다. 이미 지출한 비용뿐 아니라 요건을 갖춘 지출예정액도 신청할 수 있습니다.​

 

   

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